La estructura del plan de estudio de la MIHE presupone que el estudiante, en coordinación con su tutor-asesor y con base a su proyecto de investigación, opta por seleccionar por semestre dos cursos de los disponibles en el banco de seminarios (un seminario disciplinar, un seminario), para que disponga de más tiempo para su Seminario de Investigación y elabore su avance de tesis correspondiente al semestre. Considerando como el eje vertebrador en la formación del maestrante, la investigación realizada desde las líneas de investigación del Programa de Maestría, las líneas de investigación de los docentes, los Cuerpos Académicos, así como desde las orientaciones. Es decir, la investigación se convierte en la estrategia fundamental para la formación del futuro investigador en las Humanidades y la Educación. 

La formación como investigador en la MIHE replantea tanto el saber como el hacer, orientados a crear y desarrollar objetos de investigación congruentes con la problemática de las Humanidades y la Educación. En esta modalidad de investigación se adopta una postura crítica y de interpretación de los fenómenos humanísticos y educativos, además, de una postura creativa frente a la fundamentación teórica y epistémica de la realidad y la producción del conocimiento. 

El desarrollo de este proceso requiere, por tanto, una estrecha vinculación de los estudiantes con las LGAC, que se lograría gracias a una adecuada selección de los aspirantes y después mediante un proceso apropiado de tutoría-asesoría (para iniciar a los estudiantes, desde el curso propedéutico los profesores exponen ante los aspirantes sus líneas de investigación —como integrantes de un Cuerpo Académico—, así como el contenido de las LGAC de la MIHE). 

Al término del propedéutico, los aspirantes a cursar la maestría elegirán además de la orientación específica, un tema de investigación que irán construyendo a lo largo de los cuatro semestres con la ayuda del tutor-asesor, quien lo irá conduciendo para que seleccione los cursos más útiles y compatibles con su objeto de investigación.