El principio de flexibilidad en el Programa Académico de la MIHE, se sustenta en las siguientes consideraciones:

El aprendizaje está centrado en el maestrante con una fuerte tendencia hacia la autogestión del conocimiento.

Los maestrantes tienen la posibilidad de seleccionar de un banco de 164 seminarios diseñados con base en las orientaciones y LGAC, permitiendoles la elección de contenidos acorde a las temáticas de investigación y las necesidades de desarrollo del posgrado. Esta selección se realiza de manera conjunta con el
tutor-asesor de tesis asignado y en función de los intereses formativos particulares del propio maestrante.

Los estudiantes tienen la opción de cursar las UDIS en otros programas académicos dentro del Área de Humanidades y Educación o en otras instituciones afines, ya sea dentro de la UAZ o en instituciones nacionales e internacionales, con las que se tengan convenios de intercambio académico y de estancias estudiantiles. 

La estructura es flexible para el estudiante con relación al tiempo que pueda dedicar al Programa de Maestría y a cada orientación. Y es flexible para el docente pues se genera a partir de las LGAC que maneja.